微生物实验室要不同于一般的实验室工程或净化工程。主要应用于微生物学、生物医学、生物化学、动物实验、基因工程以及生物制品等研究使用的实验室统称为生物安全实验室，微生物实验室的设计和配置需要根据实验需求和安全要求进行定制，通常包括以下组成部分：准备室、洗涤室、灭菌室、无菌室、恒温培养室和普通实验室。
微生物实验室基本构架：
准备室：
用于配制培养基和样品处理等，
配套设施：实验台、药品柜/试剂柜、专用储物柜等，
洗涤室：
用于洗刷器皿，在条件允许的情况下，设置洗涤室。
配套设施：加热器、蒸锅、洗刷器皿的器具、器具柜等。
灭菌室：
主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌，
配套设施：高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设施，
无菌室：
主要用于系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。
房间规划：房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。无菌室外应连接一个小缓冲间，房间安装紫外线灯管和照明用的日光灯。
恒温培养室：
为微生物提供一个适宜的生长环境。
房间规划：设内外两间，內间为培养室、外室为缓冲室。需安装恒温恒湿机，内外室均应在中央安装紫外线灯。
普通实验室：
主要用于对微生物的观察、计数和生理生化的测定。
配套设施：一般需要配置实验台、药品柜、显微镜等。
